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定量PCR還是數字PCR

隨著數字PCR技術應用的展開，越來越多實驗室被其絕對定量的方式、結果的高靈敏度、高重復性等特質所吸引。2012年年底，由Frost & Sullivan公司在北美市場進行的調研顯示，約三分之一的被訪者表示會考慮購買數字PCR設備。

那么，是否意味著目前在研究、臨床和工業領域內，廣泛采用的熒光定量PCR技術將被淘汰？數字PCR很快就要將其徹di取代？越來越多實驗室對陳斯卡提出類似問題。結合多年推廣定量PCR與近幾年投身數字PCR領域的經驗心得，陳斯卡談談自己的體會，供大家參考。

陳斯卡總體的觀點是：雖然絕大多數定量PCR的應用都可以使用數字PCR完成，但在可預期的將來，兩者將長期共存。到底使用定量PCR還是數字PCR，取決于具體應用和對數據的要求。兩者不是either/or的關系，而是both/and的關系。兩種技術平臺各自的特點與現狀大致可從下面8個方面說明。

1.   在20多年的使用和發展中，定量PCR作為一種技術平臺，已經產出海量的數據，在工業界和分子檢測的某些應用上，定量PCR已經成為“金標準”。基礎研究方面，則形成了被稱為MIQE的“定量PCR標準實驗指南”。

2.   在定量PCR的各種應用中，基因表達分析（gene expression analysis）的應用比重約占七成，綜合各種因素來看，眼下定量PCR還是進行基因表達研究的理想手段。

3.   上述的“各種因素”具體展開，主要包括：通量、自動化程度、各種檢測探針與染料、檢測通道、成本和可參考文獻與protocol的數目等等。

4.   就目前市場上已有的數字PCR設備來看，定量PCR在檢測的線性范圍上具有優勢，意味著同一個run內可對各種表達豐度的樣品進行分析。

5.   目前定量PCR已經能實現高通量樣品條件下的自動化操作。

6.   數字PCR在單分子層面上的絕對定量，可以徹di擺脫對標準曲線的依賴而直接給出靶序列的拷貝數，提高了實驗結果在批內和批間的穩定性，甚至能用來對標準品進行定標。

7.   基于絕對定量的方式，數字PCR結果的高重復性和高精度可實現微小差異的基因表達分析，如等位基因的不平衡表達、單細胞基因表達分析、microRNA表達分析等等。所謂“微小差異”的標準一般而言是指表達水平的差異在2倍以內。

8.   同等條件下，數字PCR在靈敏度方面擁有優勢，使得該技術已成為腫瘤的液態活檢、病原微生物檢測、轉基因成分測定、宿主殘留DNA分析等的熱門技術。